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View Full Version : Brittany and Western France today autosomals and sex mediated genes B.Secher blog



MOESAN
13-09-14, 11:30
here something interesting (very!) but in french (to begin)

mardi, septembre 9 2014
Structure génétique à petite échelle dans l'ouest de la France (http://secherbernard.blog.free.fr/index.php?post/2014/09/09/Structure-génétique-à-petite-échelle-dans-l-ouest-de-la-France) Par bernard secher (http://secherbernard.blog.free.fr/) le mardi, septembre 9 2014, 21:50 - Génétique des populations (http://secherbernard.blog.free.fr/index.php?category/Génétique-des-populations)
Ce papier de Matilde Karakachoff est intéressant: Fine-scale human genetic structure in Western France (http://www.nature.com/ejhg/journal/vaop/ncurrent/full/ejhg2014175a.html).

Dans cette étude, 1684 échantillons de l'ouest de la France ont été testés sur leur ADN autosomal sur 377 566 SNPs, afin d'effectuer une analyse de la structure génétique à petite échelle. Cette étude est limitée aux anciennes régions de Bretagne, Anjou, Poitou, Maine et Basse Normandie correspondant aux départements actuels suivants: Calvados, Côtes-d’Armor, Finistère, Ille-et-Vilaine, Loire-Atlantique, Maine-et-Loire, Manche, Mayenne, Morbihan, Orne, Sarthe, Deux-Sèvres, Vendée et Vienne:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_FigureS1.jpeg

Pour étudier la structure génétique, les auteurs ont utilisé le logiciel ADMIXTURE avec des valeurs de coefficient K=2 et K=3. La valeur de K=2 permet de séparer les échantillons bretons des autres, et la valeur de K=3 permet de séparer en plus des bretons les échantillons de la Vendée et du sud du Maine-et-Loire:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_FigureS3.jpeg

Dans la figure ci-dessus, la composante bretonne est en vert et la composante vendéenne est en bleu. La composante bretonne est maximale dans le Finistère, le Morbihan et les Côtes-d'Armor. La composante vendéenne apparait clairement en bleu dans le schéma ci-dessous:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_Figure1.jpeg

Une Analyse en Composantes Principales permet de confirmer ce résultat:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_Figure2.jpeg

Le schéma ci-dessus à gauche, montre que la première composante permet de séparer les échantillons bretons (en vert), et la seconde composante permet de séparer certains échantillons vendéens. Ensuite une Analyse a été faite uniquement sur la région Pays-de-la-Loire. Une structure génétique apparait dans cette région dans le schéma ci-dessus à droite.

Ensuite ces échantillons ont été comparés avec des populations européennes. Le schéma ci-dessous représentent les composantes PC1 et PC3. Les échantillons de cette étude sont labellisés DESIR (en turquoise). Ils se rapprochent le plus des échantillons du Royaume-Uni, d'Irlande, d'Espagne, de la région francophone de la Suisse et de France:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_FigureS6.jpeg

Ensuite chaque échantillon de l'ouest de la France a été comparé avec chaque échantillon des populations européennes. Pour cela on regarde quels sont les segments d'ADN communs dans chaque paire d'individus. Si ces segments communs entre 2 individus ne sont pas hérités d'un ancêtre commun, on dit que la séquence est identique par état (IBS en anglais). Ainsi les populations les plus proches de la population de l'ouest de la France sont les populations de France, du Royaume-Uni et d'Irlande comme le montre la figure ci-dessous:
http://secherbernard.blog.free.fr/public/2014_Karakachoff_Figure3.jpeg

Quand on les compare avec les autres régions de l'ouest de la France, les Bretons ont une affinité plus importante avec les Irlandais et plus faible avec les espagnols et les italiens.

Les auteurs ont ensuite regardé quelles sont les régions du génome plus spécifiques aux Bretons. Ils ont ainsi remarqué que les Bretons sont reliés au gène qui donne une tolérance au lactose, situé dans le chromosome 2 (rs6754311 et rs4988235), et au complexe HLA situé sur le chromosome 6. Pour ces deux régions, la distance génétique entre les Bretons et les Irlandais est faible.

Cette étude a donc permis de mettre en évidence une structure génétique à petite échelle dans l'ouest de la France avec la détection d'une ascendance liée aux Bretons et une autre aux Vendéens. Ces résultats suggèrent une isolation par distance des Bretons. La plus grande distance génétique mesurée à une distance de 30 km chez les Bretons est liée à une dérive génétique dans une population moins nombreuse dans cette région. Cette grande distance génétique chez les Vendéens est liée à la présence d'individus avec une ascendance spécifique. La proximité génétique des Bretons et des Irlandais se retrouve également dans les haplogroupes du chromosome Y, reflétant probablement une origine commune.

MOESAN
13-09-14, 11:50
in Loire-Atlantique departement, the part South the river is very more on the Poitevin side than on the Breton one -
but in West, even South the Loire there would be a more breton-like population -
the problem is the weight of the Nantes town, a centre of attraction for centuries, a kind of frank town, attracting Angevins, Poitevins and Bordeaux-North Guyenne people - the survey doesn't precise the sample origin -
the North of the Loire river in Loire-Atlantique departement was more bretonized (not: celtized) than the Ille-et-Villaine departement -
a breton-speaking modern immigration from Western brittany took place in the past century, in Saint-Nazaire, nantes as in Rennes town -
so the more "breton" autosomals of Ille-et-Villaine could be the result of, not only breton immigration of the 5-7° centuries, but too the result of an anciently more celtized heriateg -
the evident links with Ireland can mistake us: two explanations: 1) Pretani were close enough to ancient Irish people - 2) it is not too light recent enuogh irish people immigration (les "Irois" in passed french) which can explain these results, in fact ireland were populated in far past by Celts AND Pre-Celts from Western Aremorica, where Celts but too a previous Atlantic heritage had their weight (the common elements in North-Western Europeans and Basques + some 'western Mediterranean' element)
in Finistère, an other study found some mt-DNA typical to Scotland (don't forget Breton legions were posted in N-W Aremorica and around Saint-Nazaire (L-A dept) by Roma Empire, before the great Breton immigration)
this interesting study lacks precision, nevertheless: what is this 'vendéen' élément? Have did Bell Beakers had a special weight there (it seems like for archeology but?)

MOESAN
13-09-14, 11:53
all the way the global dispersion of Western French population seems between Spain and Ireland-Britain, what ancient anthropology and History seem confirming - (being the less "french" and less "spanyard" the bretons)

Angela
13-09-14, 14:27
It's good to see some genetics papers from France...pity that more of the country wasn't analyzed.

In terms of Brittany in particular, wouldn't the migration into Brittany (Finisterre region in particular if I remember correctly) from south western Britain at the time of the Anglo-Saxon migrations and perhaps starting as early as 300 also impact the results?

MOESAN
13-09-14, 19:44
It's good to see some genetics papers from France...pity that more of the country wasn't analyzed.

In terms of Brittany in particular, wouldn't the migration into Brittany (Finisterre region in particular if I remember correctly) from south western Britain at the time of the Anglo-Saxon migrations and perhaps starting as early as 300 also impact the results?

It's evident, for more than a fact (genetics, language, names of early parrishes) but it would be an error to consider only a North-South movement, the contrary occurred before (Y-R1b-L21 came from the continent, more than a time perhaps, one time from today Brittany)
North-West- France Normandy received some Brittons flood too, even if less than did today Brittany -
concerning Brittany, the 5-7° centuries immigrants (but rulers) took foot in North as well as in West, fewer in South-West - the yesterday genetic conditions were due to previous celtic waves too, which explain that even Morbihan had globally (not in details) the same proximity to the Great Isles inhabitants - it 's possible too that, after a first step in Brittany through North for a big part, the installation of Brittons was made easier among western less latinized Gallo-Romans of Brittany (but even in North-East, a well romanized region (Corseul-Saint-Malo and Co) the celtic names were still born by the Gallo-Romans)
in the Saint-Nazaire region breton language disappeared lately, very later after in Ille-et-Villaine and East-Morbihan and East-Côtes d'Armor,
and it was not a region heavily colonized by last Brittons; but Roma posted there Brittons troops about the 3°-4° century if I don't mistake.